Een beschrijving van het interieur is niet volledig als we niet even stilstaan bij de orgels, die de eredienst hebben begeleid.
Het eerste orgel van deze kerk werd gebouwd in 1539/1540 door Hendrik Niehoff en stond op het oksaal, op de scheiding tussen schip en koor van de kerk. Het orgel was oorspronkelijk met luiken afsluitbaar. Na de reformatie werd het orgel tijdens de kerkdiensten het zwijgen opgelegd. Er werden wel orgelbespelingen op gegeven. Tot 1865 werden deze wekelijks, in opdracht van het stadsbestuur gegeven. In 1815 begint in Schoonhoven het begeleiden van de gemeentezang met orgel.
In de 18e eeuw werkte Hess uit Gouda aan het orgel. Het snijwerk dat zich voor het borstwerk bevond, is duidelijk van zijn hand. In de 19e eeuw is het orgel wit geschilderd en zijn er op de torens vazen in empirestijl geplaatst. De orgelluiken werden vervangen door vleugelstukken. In 1883 werd het orgel afgeschreven. In 1901 werd het uit de kerk verwijderd.
Het orgel is lange tijd opgeslagen geweest in de meubelmakerwerkplaats van de fa. v. d. Ende te Schoonhoven. In de jaren ’50 van de vorige eeuw is de kas van het orgel verkocht naar de Grote of St. Laurenskerk te Rotterdam. De kas is door bovengenoemde firma gerestaureerd en uitgebreid met een rugwerkkas. De orgelbouwer Marcussen uit Denemarken heeft in beide kassen een nieuw orgel gebouwd en doet het orgel nu dienst als transeptorgel in de Grote of St. Laurenskerk te Rotterdam.
In 1906 werd een ander, gebruikt orgel geplaatst, afkomstig uit een Roomskatholieke kerk te Amsterdam. Dit orgel kwam op dezelfde plaats als het Niehoff-orgel. De bouwer van dit orgel was waarschijnlijk Witte uit Utrecht. De dispositie is niet meer te achterhalen. Wel weten we dat het 27 stemmen had, waaronder vier 16’ registers, 13 8’ registers en een cornet 3 st.
Bij de grote kerkrestauratie/verbouwing van 1927-1934, werd dit orgel verplaatst naar de westzijde van de kerk. Door de verzakte toren op te vangen, werd er een enorme betonnen steunconstructie gebouwd met daartussen een orgelgalerij waarop het orgel zijn plaats kreeg. Het inmiddels dichtgemetselde venster onder de toren werd met de kerkrestauratie weer geopend en voorzien van een zogenoemde tapijtraam wat men zichtbaar wilde houden vanuit de kerkruimte. Om dit te realiseren werd het orgel grondig omgebouwd.
Na de mode van die tijd verdween de kas, het pijpwerk kreeg een open opstelling, geplaatst in twee helften. Om dit technisch mogelijk te maken werd het orgel van mechanisch omgebouwd naar een pneumatisch systeem en voorzien van een vrijstaande elektrische speeltafel. De slepen bleven merkwaardig genoeg wel in het orgel en werden elektrisch bediend. De fa. Dekker uit Goed was de orgelbouwer die deze verbouwing uitvoerde. Met de komst van heteluchtverwarming in de kerk in de jaren 60, begon het orgel steeds meer mankementen te vertonen.
In 1969 werd er een commissie gevormd voor de bouw van een nieuw orgel. Na het overwegen van diverse ontwerpen heeft dit uiteindelijk geresulteerd in het huidige orgel dat in 1975 werd gebouwd door de fa. Gebr. Van Vulpen uit Utrecht. Ook dit orgel werd na de mode van de tijd gebouwd; neobarok. Geënt op de Noord-Duitse barokorgels, met een heldere boventoonrijke klank.
Na verloop van jaren ontstond het verlangen om het orgel een meer draagkrachtige klank te geven. Ook dit is weer naar de mode van de tijd. In 2002 vonden er een aantal wijzigingen plaats. De beweegbare balgen die direct onder de windladen lagen werden vervangen door twee spaanbalgen. Divers pijpwerk werd geherintoneerd en opgeschoven. Tremulant voor het hele werk (opliggend). De pneumatisch tremulant van het rugwerk werd vervangen door een mechanische inliggende tremulant.
De versiering van dit instrument is naar een ontwerp van onze stadgenoot Gerrit Neven. Het orgel is in 1975 in gebruik genomen. De huidige dispositie is als volgt:
| Hoofdwerk: | Rugwerk: | Pedaal: |
| Prestant 8 | Prestant 4 | Prestant 16 |
| Octaaf 4’ | Holpijp 8’ | Octaaf 8’ |
| Octaaf 2’ | Scherp 4 st. | Nachthoorn 4’ |
| Mixtuur 3-4 st. | Dulciaan 16’ | Mixtuur 6 st. |
| Trompet 8’ | Vox Humana 8’ | Koppel ped-hw |
| Quintadeen 16’ | Tremulant | Koppel ped-rw |
| Roerfluit 8’ | Quintadeen 8’ | Subbas 16’ |
| Spitsfluit 4’ | Roerfluit 4’ | Roerquint 5 1/3’ |
| Quint 2 2/3’ | Gemshoorn 2’ | Bazuin 16’ |
| Cornet 4 st. disc. | Nasard 2 2/3’ | Schalmei 4’ |
| Sexquialter 2 st. | Koppel hw-rw |